JEAI AREA-One

Antibiotic Resistance of Enterobacterales in Central Africa : a One Health Approach

 

Contexte

La résistance aux antimicrobiens (RAM) est l’une des menaces prioritaires pour la santé publique et le développement selon l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS). L’OMS estime qu’en 2019, la RAM a directement causé le décès de plus d’1 million de personnes dans le monde et contribué à 5 millions de décès, en lien avec des infections pour lesquelles les traitements antibiotiques ne sont plus efficaces.

Nous nous intéressons particulièrement aux entérobactéries, présentes dans le tube digestif et responsables de la majorité des infections bactériennes communautaires, notamment urinaires.
Parmi elles, les entérobactéries porteuses de B lactamase à Spectre Etendu (E-BLSE) ont acquis des gènes codant pour une enzyme qui hydrolyse les antibiotiques de la famille des B lactamines, très fréquemment utilisés en médecine humaine. Or, ces gènes de résistances sont facilement transférables d’une entérobactérie à une autre, par des éléments génétiques mobiles appelés plasmides, conférant un grand pouvoir de dissémination de la résistance.
De même, les entérobactéries Productrices de Carbapénémase (EPC) ont acquis des gènes codant pour une enzyme qui hydrolyse les antibiotiques de la famille des carpabénèmes, utilisés en dernier recours pour des infections à bactéries multirésistantes.
Les personnes porteuses de E-BLSE ou d’EPC ne sont pas nécessaires malades, mais sont à risque d’avoir une infection causée par ces bactéries avec peu d’options thérapeutiques, et constituent un réservoir de la résistance.

L’Afrique Centrale est l’une des régions du monde où les données disponibles sur le portage des E-BLSE et EPC sont les plus faibles, et la surveillance inexistante malgré des facteurs favorisants au niveau humain, animal et environnemental : mésusage d’antibiotiques (vente d’antibiotiques sans prescription en pharmacie et disponibles dans le secteur informel, absence de régulation de l’usage des antibiotiques en médecine vétérinaire), transmissions interhumaines et interespèces (proximité de la faune sauvage avec les animaux d’élevage et les humains), contaminations environnementales (eau de boisson contaminée par défaut d’accès à l’eau et d’assainissement)…

Objectifs

Objectif général

  1. Déterminer la prévalence humaine du portage digestif de l’ESBL-E et de l’EPC au Cameroun, en milieu urbain et rural, en prenant en compte le rôle de l’environnement et des animaux selon une approche One Health.
  2. Déterminer la prévalence du portage digestif des EBLSE et/ou EPC chez les animaux d’élevage ou péri-domestiques et domestiques
  3. Déterminer la prévalence dans les produits de la chaine alimentaire à destination humaine (viande de brousse, produits de la pèche, manioc).
  4. Dépister les BLSE/EPC dans l’environnement
  5. Dépister la résistance à la colistine chez les souches précédemment identifiées comme EBLSE
  6. Identifier les facteurs de risque de portage d’EBLSE et/ou EPC dans la communauté

Objectif génomique

Étudier la diversité génétique des populations bactériennes afin de décrire les éventuels transferts zoonotiques et entre les différents compartiments (humain, animal, environnement) à l’aide du whole genome sequencing (WGS) et dresser l’analyse phylogénétique des souches.

Partenariats et Implantations

La JEAI, créée en 2020 pour 3 ans, est issue de la collaboration entre l’UMI 233/U 1175 de la Délégation Régionale IRD-Occitanie de Montpellier (Correspondant JEAI : Cédric Chesnais) et de l’Higher Institute for Scientific and Medical Research (ISM) (Responsable JEAI : Hugues Clotaire Nana-Djeunga). La JEAI est en étroite collaboration avec la Société Camerounaise de Microbiologie.

Le laboratoire Rétrovirus de l’UMI 233/U 1175
de la Délégation Régionale IRD-Occitanie de
Montpellier

Direction : Pr Eric DELAPORTE

Correspondant JEAI : Cédric CHESNAIS

Higher Institute for Scientific and Medical Research (ISM)

Direction : xxxxx

Responsable : Hugues Clotaire NANA-DJEUNGA