Equipe 1 – VIH, Ebola et autres infections virales

Diversité génétique, Résistance, Emergence, Interface homme/faune sauvage des maladies infectieuses

Présentation de l’équipe

Depuis 2001 (dans la continuité de l’UR36, UMR145, UMI233 TransVIHMI), notre équipe étudie les aspects de microbiologie, en particulier la virologie, au sein de l’unité de recherche multidisciplinaire dont l’objectif est d’améliorer la prise en charge du SIDA et les maladies associées dans les pays du sud. Suite à l’épidémie Ebola en Afrique de l’Ouest entre 2013 et 2016, notre équipe est aussi fortement impliquée dans les études multidisciplinaires sur Ebola développées dans l’unité.

La thématique des « Infections mycosiques et parasitaires liées au VIH » a été développée au sein de l’UMI 233 lors de son renouvellement en 2015.

AYOUBA Ahidjo

AYOUBA Ahidjo

Poste - DR2 Responsable

Courriel - ahidjo.ayouba@ird.fr

Telephone - 04 67 41 63 05

PEETERS Martine

PEETERS Martine

Poste - DRCE Responsable

Courriel - martine.peeters@ird.fr

Telephone - 04 67 41 61 61

Faits marquants

2014 : origine de l’épidémie VIH en RDC et la trajectoire initiale en Afrique centrale sont publiés dans Science. L’étude a été reprise par de nombreux médias (ex. Bibliothèque Médicis avec JP Elkabbach).

2015 : l’origine des 4 groupes VIH-1 est élucidée, avec la publication dans PNAS des souches SIVgor proche des groupes O et P chez deux populations de gorilles dans le sud Cameroun. Cette étude a aussi été reprise par de nombreux médias.

2016 : premières études montrant un taux élevé de résistances chez les enfants nés de mères séropositives en Afrique (collaboration Togo) ; taux élevés de mutations de résistance chez les patients en échec viral avec des charges virales élevées (Cameroun, Sénégal, Burkina).

2017 : premières publications sur Ebola ; développement d’un nouveau test sérologique avec une bonne sensibilité et spécificité et des études sur la persistance du virus dans le sperme.

2018 : caractérisation rapide de la souche Ebola de l’épidémie dans l’Équateur en RDC qui a permis l’implémentation de mesures de santé publique (ex. vaccination). Félicitations par la chancelière des universités de Montpellier (Mme B. Gille) et la ministre de la recherche (Mme F. Vidal).

2019 : études sur le rôle des chauves-souris et les primates dans l’écologie du virus Ebola, en doublant et triplant respectivement les connaissances précédentes.

Dans les résultats aboutis des travaux conduits en fonction de l’orientation et de l’expertise des membres du groupe « Infections mycosiques et parasitaires liées au VIH », on soulignera une meilleure connaissance de Cryptococcus Afrique/Europe méditerranéenne, Homme/Environnement, Pesticides/résistance

Localisation

Les agents rattachés à l’équipe 1 sont basés sur 2 sites :

• Le groupe « VIH, Ebola et autres infections virales » est basé au centre IRD à Montpellier. Dans le cadre du Laboratoire Mixte International (LMI) PreVIHMI, qui associe le laboratoire de Montpellier avec le CREMER à Yaoundé, Cameroun, et l’INRB à Kinshasa en République Démocratique du Congo (RDC), des membres de l’équipe ont fait des séjours de longue durée (expatriation et/ou MLD (mission de longue durée)) au Cameroun et en RDC. Suite aux études sur Ebola en Guinée des séjours de longues durées ont aussi eu lieu en Guinée. Dans le cadre de ces collaborations, des chercheurs et autres personnels de laboratoire du Cameroun, RDC et Guinée ont aussi été accueillis à Montpellier.

• Le groupe « Infections mycosiques et parasitaires liées au VIH » est situé au Laboratoire de Parasitologie et Mycologie médicale au sein de l’UFR Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Montpellier.

Axes de recherche

– Groupe VIH, Ebola et autres infections virales :

1. Rétrovirus humains :
– documenter la variabilité du VIH en Afrique pour étudier l’origine et l’évolution de l’épidémie,
– documenter la résistance aux antirétroviraux (ARV) en fonction de la diversité du VIH et la prise en charge des patients dans les pays du sud, et dans le contexte de l’accès universel aux ARV,
2. Documenter la circulation de rétrovirus simiens (SIV) afin de surveiller l’émergence de nouveaux VIH,
3. Étudier d’autres agents pathogènes à l’interface Homme/Faune sauvage en Afrique afin d’évaluer le risque d’émergence ou re-émergence d’agents pathogènes chez l’Homme.

– Groupe Infections fongiques et parasitaires axé sur les levures du genre Cryptococcus au travers de :

1.L’épidémiologie et la diversité génétique
2.Les mécanismes moléculaires de la résistance

Ces thèmes sont développés selon une approche multidisciplinaire avec les autres équipes de l’unité.

Projets

Projet AFRICAM (Cameroun)
        • Porteur : Ahidjo Ayouba
        • Pays : Cameroun
        • Objectif principal : Prévenir l’émergence de maladies zoonotiques en Afrique et au
          Cambodge
        • Financeur : AFD
        • Partenaires : CIRAD, CREMER, CPC, Mivegec, Intertryp, AMAP, Université de Dschang
        • Année début/fin : 2023‐2025
        • Contact : ahidjo.ayouba@ird.fr
        • Site web: https://prezode.org/prezode_fre
Projet AFRICAM (Guinée)
        • Porteur : Alpha Keita
        • Pays : Guinée
        • Objectif principal : Prévenir l’émergence de maladies zoonotiques en Afrique et au
          Cambodge
        • Financeur : AFD
        • Partenaires : CIRAD, CERFIG
        • Année début/fin : 2023‐2025
        • Contact : alpha.keita@ird.fr
        • Site web: https://prezode.org/prezode_fre
Projet ASAMCO
        • Porteur : Martine Peeters
        • Pays : République Démocratique du Congo
        • Objectif principal : Prévenir l’émergence de maladies zoonotiques en Afrique et au
          Cambodge
        • Financeur : AFD
        • Partenaires : INRB, Ecole Sante Publique, Kinshasa
        • Année début/fin : 2024‐2027
        • Contact : martine.peeters@ird.fr
Projet BCOMING
        • Porteur : Martine Peeters
        • Pays : Guinée
        • Objectif principal : Biodiversity Conservation to Mitigate the risks of emerging infectious
          diseases
        • Financeur : European Union’s Horizon Europe research and innovation programme
        • Partenaires : IRD, Cirad, INRAE, University of Antwerp, Helmholtz Institute, AviaGis, Cerfig, Institut Pasteur Cambodge, Nature Metrics, Fauna and Flora International, Univeristy of Liege
        • Année début/fin : 2022‐2026
        • Contact : martine.peeters@ird.fr
        • Site web: https://bcoming.eu/
Projet DENGUE SEROPREVALENCE SURVEYS IN AFRICA
        • Porteur : Martine Peeters
        • Pays : République Démocratique du Congo, Ghana, Sénégal
        • Objectif principal : A retrospective cross‐sectional seroprevalence study of dengue virus
          infection in 3 African countries
        • Financeur : DNDI
        • Partenaires : IRD, DNDI, Imperial College, Institut Pasteur Dakar, INRB
        • Années début/fin : 2022‐2023
        • Contact : martine.peeters@ird.fr
Projet AFROSCREEN
        • Porteur : Éric Delaporte
        • Pays : République Démocratique du Congo, Guinée, Cameroun, Ghana, Benin, Togo (Mali,
          Sénégal, Cote d’Ivoire, Burkina Faso, RCA, Madagascar, Niger)
        • Objectif principal : Renforcement des capacités de séquençage en Afrique
        • Financeur : AFD
        • Partenaires : IRD, ANRS‐MIE, Institut Pasteur, Cerfig, INRB, CREMER, Biolim, IRCB and LFHV
          Benin, WACCBIP
        • Années début/fin : 2022‐2024
        • Contact : eric.delaporte@ird.fr
        • Site web: https://www.afroscreen.org/projet/
Projet MBOTE
        • Porteur : Martine Peeters
        • Pays : République Démocratique du Congo
        • Objectif principal : MONKEYPOX BIOLOGY, OUTCOME, TRANSMISSION AND EPIDEMIOLOGY PROJECT
        • Financeur : FWO, Belgium
        • Partenaires : IMT, INRB
        • Années début/fin : 2022‐2024
        • Contact : martine.peeters@ird.fr
Projet PANAFPOX
        • Porteur : Martine Peeters
        • Pays : République Démocratique du Congo, Cameroun, Benin, Guinée
        • Objectif principal : « One Health approach to document the extent of monkey pox viruses
          (MPXV) infections to evaluate frequency and risk for cross‐species transmissions to humans
          in countries in Africa where MPX is endemic. »
        • Financeur : ANRS‐MIE
        • Partenaires : INRB, CREMER, CERFIG, IRCB and LFHV Benin, RKI
        • Années début/fin : 2022‐2024
        • Contact : martine.peeters@ird.fr
Projet ZOOCOV
        • Porteur : Martine Peeters
        • Pays : Cambodia
        • Objectif principal : Toward an integrated surveillance of potential zoonotic Betacoronaviruses in the wild animal value chains of Cambodia
        • Financeur : ANR
        • Partenaires : CIRAD, Institut Pasteur Cambodge, WCS, FFI
        • Années début/fin : 2022‐2022
        • Contact : martine.peeters@ird.fr
Projet BatCOV
        • Porteur : Martine Peeters
        • Pays : Guinée, RDC, Cameroun, Zimbabwe
        • Objectif principal : Prevalence, genetic diversity and geographic distribution of coronaviruses in wild bat populations in their natural habitat to evaluate risk for cross‐species transmissions to humans in Africa
        • Financeur : ANRS
        • Partenaires : CIRAD, Mivegec, Cerfig, CREMER, INRB
        • Années début/fin : 2022‐2022
        • Contact : martine.peeters@ird.fr
Projet BIODIV‐AFREID
        • Porteur : Martine Peeters
        • Pays : DRC, Cameroon, Guinea, Tanzania
        • Objectif principal : Biodiversity changes in African forests and Emerging Infectious Diseases: should we worry?
        • Financeur : BiodivERsA ERA‐Net COFUND programme
        • Partenaires : University of Antwerp, RBINS, Brussels; RKI, Germany
        • Années début/fin : 2019‐2024
        • Contact : martine.peeters@ird.fr
        • Site web: https://www.biodiversa.eu/2022/10/31/biodiv-afreid/
Projet AFRICOVER
        • Porteur : Martine Peeters
        • Pays : Mozambique
        • Objectif principal : Characterising transmission parameters of SARS‐CoV‐2 in a peri‐urban
          setting in Mozambique using population based surveillance and a high‐throughput sero‐
          assay.
        • Financeur : EDCTP
        • Partenaires : ITM, Antwerp; INS, Mozambique; University of Utrecht, The Netherlands
        • Années début/fin : 2020‐2023
        • Contact : martine.peeters@ird.fr
Projet Arbovirus sylvatic reservoir
        • Porteur : Martine Peeters
        • Pays : DRC, Cameroon, Guinea, Tanzania
        • Objectif principal : Identifying sylvatic reservoir species of outbreak‐prone arthropodborne
          viruses through large‐scale serostatus mapping in African wildlife
        • Financeur : FWO, Belgium
        • Partenaires : ITM, Antwerp; RBINS, Brussels
        • Années début/fin : 2020‐2024
        • Contact : martine.peeters@ird.fr
Projet PROVIBAC
        • Porteur : Ahidjo Ayouba
        • Pays : RDC, Cameroun
        • Objectif principal : Unravelling the complexity of the HIV‐1 group M epidemic in the Congo
          Basin : a Region where multiple viral lineages co‐circulate
        • Financeur : ANRS
        • Partenaires : CREMER, INRB, UKZN, South Africa
        • Année début/fin : 2020‐2022
        • Contact : ahidjo.ayouba@ird.fr
Projet EboImGen
        • Porteur : Ahidjo Ayouba
        • Pays : RDC, Guinée
        • Objectif principal : Immunological and genetic determinants of the response to Ebola virus
          infection
        • Financeur : ANR
        • Partenaires : CERFIG, INRB, Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases (HGID)
        • Année début/fin : 2022‐2024
        • Contact : ahidjo.ayouba@ird.fr
Projet ARIACOV
        • Porteur : Éric Delaporte
        • Pays : RDC, Cameroun, Guinee, Benin, Ghana
        • Objectif principal : Appui à la riposte Africaine à l’épidemie Covid‐19
        • Financeur : AFD
        • Partenaires : Mivegec et Merit IRD; INRB, Cerfig, CREMER, IRCB and LFHV Benin, WACCBIP, Ghana
        • Années début/fin : 2020‐2022
        • Contact : eric.delaporte@ird.fr
        • Site web: https://www.ariacov.org/
Projet EBOSURSY
        • Porteur : Martine Peeters
        • Pays : Cameroun, Guinée, RDC
        • Objectif principal : Renforcement des capacités et surveillance des fièvres hémorragiques
          virales
        • Financeur : Union Européenne
        • Partenaires : CREMER, CERFIG, INRB
        • Années début/fin : 2017‐2023
        • Contact : martine.peeters@ird.fr
Projet MARCAM
        • Porteur : Martine Peeters
        • Pays : Cameroun, Guinée, RDC
        • Objectif principal : Renforcement des capacités et surveillance des fièvres hémorragiques
          virales
        • Financeur : Union Européenne
        • Partenaires : CREMER, CERFIG, INRB
        • Années début/fin : 2017‐2023
        • Contact : martine.peeters@ird.fr
Projet MADARES
        • Porteur : Ahidjo Ayouba
        • Pays : Madagascar
        • Objectif principal : HIV Drug resistance in naïve and treated patients of Madagascar: The
          MadaRes study
        • Financeur : ANRS‐MIE
        • Partenaires : CICME
        • Années début/fin : 2023‐2025
        • Contact : ahidjo.ayouba@ird.f

Collaborations et partenariats

A venir…

Membres de l’équipe

L’équipe 1 est coordonnée par M. Peeters et A. Ayouba.

VIH, Ebola et autres infections virales

AYOUBA Ahidjo

AYOUBA Ahidjo

Poste : DR2 Responsable

Mail : ahidjo.ayouba@ird.fr

Tél : 04 67 41 63 05

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BENCHERIF Meriem
BIAI Neraide

BIAI Neraide

Poste : Ingénieure d'Etudes

Mail : neraide.biai@ird.fr

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BOUILLIN Julie
BUTEL Christelle

BUTEL Christelle

Poste : IE Assistante de Prévention

Mail : christelle.butel@ird.fr

Tél : 04 67 41 62 03

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CHAMPAGNE Maeliss
COULON Caroline
DELAPORTE Eric

DELAPORTE Eric

Poste : PU-PH Directeur d'Unité

Mail : eric.delaporte@ird.fr

Tél : 04 67 41 62 97

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DILU KETI Angèle
ESTEBAN Amandine

ESTEBAN Amandine

Poste : AI Assistante de Prévention

Mail : amandine.esteban@ird.fr

Tél : 04 67 41 62 56

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FERNANDEZ Nicolas
GUICHET Emilande

GUICHET Emilande

Poste : Post-doctorante

Mail : emilande.guichet@ird.fr

Tél : 04 67 41 51 30

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KINGANDA LUSAMAKI Eddy
LACROIX Audrey

LACROIX Audrey

Poste : Post-doctorante

Mail : audrey.lacroix@ird.fr

Tél : 04 67 41 64 42

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Paul TSHIMINYI
PEETERS Martine

PEETERS Martine

Poste : DRCE Responsable

Mail : martine.peeters@ird.fr

Tél : 04 67 41 61 61

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POGGI Maéva

POGGI Maéva

Poste : Préparatrice en biologie

Mail : maeva.poggi@umontpellier.fr

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RAKOTOMALALA FETRA Angelot
RAMASSAMY Jill Léa
RANDAZZO Sylvie
SERRANO Laetitia

SERRANO Laetitia

Poste : IE Assistante de Prévention

Mail : laetitia.serrano@ird.fr

Tél : 04 67 41 62 65

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THAURIGNAC Guillaume
VIDAL Nicole

VIDAL Nicole

Poste : IR

Mail : nicole.vidal@ird.fr

Tél : 04 67 41 62 58

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Infections mycosiques et parasitaires liées au VIH