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Organigramme
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  • Directeur :

        Pr Eric DELAPORTE

  • Directeur Adjoint :

        Bernard TAVERNE

Accès à la Délégation Régionale IRD-Occitanie (Montpellier)

SIV

Les maladies infectieuses émergentes, secondaires à une zoonose, représentent l'un des problèmes majeurs en santé publique. Le SIDA (Syndrome d’immunodéficience acquise), apparu dans les années 80, en est un  exemple pertinent. L’épidémie actuelle de VIH démontre l’extraordinaire importance que peut avoir un seul épisode de transmission lentivirale inter-espèce. Les premiers cas de SIDA avec le VIH-1 M ont été observés en 1981, mais le virus circulait déjà depuis le début du XXème siècle en Afrique Centrale. Actuellement, au moins 13 transmissions du singe à l’Homme ont été décrites, 4 à l’origine du VIH-1 et 9 pour le VIH-2. Cependant, il est très probable que d’autres ont eu lieu dans le passé mais sont restés inaperçus, le virus n’ayant pu s’adapter au nouvel hôte ou n’ayant pas eu l’occasion d’être introduit dans un milieu favorisant sa dissémination rapide. Dans la mesure où l’Homme est toujours potentiellement exposé à de nombreux lentivirus du fait de la chasse de PNH ou de la préparation de viande de brousse, la possibilité de nouveaux épisodes de transmissions inter-espèces est une éventualité qu’il faut anticiper. On ne peut exclure que de nouveaux variants, issus d’autres transmissions, circulent ou ont circulé dans la population humaine, mais qu’ils n’ont pas été détectés par les tests de dépistage VIH-1/-2 actuels. De plus, la longue phase asymptomatique caractéristique des lentivirus permet une large diffusion d’un nouveau variant dans une population à risque avant qu’il soit effectivement reconnu. Pour cela, il est important de continuer à caractériser les SIV auxquels les Hommes sont exposés, et d’autre part d’améliorer les tests de détection sérologique en incluant par exemple des antigènes SIV lors d’études épidémiologiques chez les populations en contact avec les animaux potentiellement infectés. Comme vus précédemment, de nombreux éléments sont indispensables pour qu’une simple transmission virale soit à l’origine d’une nouvelle épidémie. Les facteurs de l’hôte associés aux facteurs environnementaux, sociaux, démographiques sont les principaux acteurs dans la diffusion d’un tel nouveau virus. Il est donc aussi important de comprendre quels facteurs ont été particulièrement déterminants lors des succès épidémiologiques passés de certains variants afin de réduire le risque de nouvelles émergences virales.

  • Déterminer les caractéristiques moléculaires des SIV dans les différentes espèces de primates et étudier leurs relations phylogénétiques avec les autres VIH/SIV.

Comme dans les études précédentes, nous collecterons des échantillons (sang/ tissus)  de primates à partir de la viande de chasse dans les villages, les concessions forestières et les marchés dans différent pays africains ou les primates sont chassés pour la consommation de leur viande. En plus du Cameroun, nous étendrons ces études au Gabon, DRC et aussi au Guinée Equatoriale et RCA. Dans les régions éloignées, où la congélation n’est pas possible, le sang récupéré sera conservé sur des papiers filtres. Nous utiliserons la technique MIA (Multiplex microbead immunoassay) plus rapide que les ELISA et plus sensible pour la détection d’échantillons positifs et de virus divergents que nous avons mis au point. A partir des échantillons identifiés comme positifs par sérologie, la recherche de SIV et leur caractérisation moléculaire sera faite. Les analyses phylogénétiques permettront de voir rapidement si les nouveaux SIV appartiennent a une lignée SIV connues ou pas, et s’ils forment un sous-groupe dans une lignée ou pas. En fonction des résultats de ces analyses le génome complet sera séquencé. L'analyse phylogénétique vis à vis des autres SIV/VIH sera faites afin de vérifier si les nouveaux SIV sont des virus mosaïques ou purs.

  • Documenter la variabilité génétique dans les régions clefs du génome pour le diagnostic sérologique et moléculaire de ces infections lentivirales afin d’améliorer les outils diagnostiques.

Les échantillons identifiés comme positifs par sérologie seront étudiés plus en détail dans les régions du génome importantes pour le développement d’outils diagnostiques sérologiques, en pratique il s’agira de la région immunodominante de la gp41 et la boucle V3 de la gp120. Si une grande variabilité parmi certaines lignées SIV est observée les antigènes utilisés dans les tests sérologiques seront adaptés. Ces études permettront de plus de mieux comprendre la diversité génétique et l’évolution de ces SIV dans les populations sauvages de primates.

  • Identifier en détail les réservoirs simiens des différents groupes du VIH-1 chez les grands singes.

La découverte du SIVgor, virus proche du VIH-1 groupe O et P, chez les gorilles était inattendue et montre combien nos connaissances sur les réservoirs naturels du VIH chez les primates non-humains restent limitées. Les collectes de fèces s’effectueront dans les zones où vivent les gorilles, les chimpanzés et les bonobo’s sauvages en Afrique Centrale. Les échantillons fécaux seront testés pour la présence d’anticorps réagissant de façon croisée aux antigènes du VIH-1 grâce au test INNOLIA ou Western Blot VIH. L’extraction d’ARN viraux des échantillons positifs en sérologie sera réalisée et les ARN seront amplifiés par RT-PCR et séquencés.

  • Caractériser la diversité génétique et l’histoire évolutive des SIVcpz et SIVgor

Il est essentiel de comprendre en quoi le génotype, le phénotype et l’histoire évolutive des différentes lignées SIVcpz/gor influencent leur potentiel à infecter l’Homme et le rendre malade. Pour cela, une analyse approfondie de leur diversité génétique est requise. Les virus SIVcpz/gor représentatifs de nouvelles lignées seront sélectionnés pour des analyses de génome complet. Les séquences de génomes complets sont indispensables pour des analyses avancées de la diversité génétique et de l’histoire évolutive virale, en particulier l’identification de recombinaisons et des « virus mosaïques », l’évolution au cours du temps des rétrovirus, l’identification des sites génomiques évoluant de manière distincte dans différentes lignées. Le but sera ici d’identifier des changements qui pourraient représenter des mutations pré-adaptatives facilitant le passage de la barrière d’espèce ou la dissémination accentuée du virus chez son hôte.

  • Etudier la présence d’infection SIV dans différentes populations humaines

La composante prise en charge et surveillance épidémiologique des différents projets de l’UMI 233 (Equipe 2) au Cameroun et en Afrique Centrale, va permettre de rechercher dans différentes populations la présence d’anticorps anti-SIV. Ceci pourra se faire d’une façon rétrospective et prospective. Le nombre d’antigènes V3 et gp41 à inclure dans ces tests étant très important, nous utiliserons une nouvelle méthode, la technologie MIA (Multiplex microbead immunoassay), plus rapide que les ELISA et plus sensible pour la détection d’échantillons positifs et de virus divergents. L’ ARN extrait des sérums, ou l’ADN si les PBMCs sont disponibles seront utilisés pour confirmer et caractériser moléculairement les possibles infections SIV. Si sur base d’une séquence partielle une infection SIV est confirmée, nous essaierons d’amplifier le génome complet.

  • Déterminer dans quelle mesure les grands singes constituent toujours des réservoirs pour de nouvelles infections humaines à VIH

Il a été montré que les SIVsmm (Sooty mangabeys) ont franchi au moins huit fois la barrière d’espèce du singe à l’Homme (VIH-2 groupes A-H), et notre equipe a identifié une 9ième dans un village de la foret de Tai en Côte d’Ivoire. Pour les SIVcpz/gor, 4 franchissements inter espèces ont pu être, à ce jour, identifiés (VIH-1 M, N, O, P). Néanmoins, les tests diagnostics actuels ne peuvent distinguer les VIH-1 des SIVcpz/gor et seule une fraction d’échantillons VIH positifs a été moléculairement caractérisée en Afrique Centrale. L’exposition continue des Hommes aux primates, ajoutée à ces limites de diagnostic, laisse à penser que de nouvelles transmissions inter-espèces de SIVcpz/gor ont eu lieu mais n’ont pas été détectées, comme illustre la récente description du groupe P. Le but ici sera de développer un MIA spécifique pour les différentes groupes VIH-1 et des lignées SIVcpz/gor et identifier des algorithmes permettant de différencier les différents groupes du VIH-1 des SIVcpz et SIVgor.

  • Etudier la pathogénicité des SIV chez les chimpanzés et gorilles sauvages.

En général, il était acquis que les PNH d’Afrique infecté par leur SIV spécifique ne progressaient pas vers une maladie immunodépressive. Une étude commencée il ya plus de 10 ans, sur une population de chimpanzé habitué et étudié pourleur comportement depuis 40 ans au Parc National de Gombe en Tanzanie a récemment révélé une mortalité accrue et une pathologie immunitaire similaire au SIDA chez les chimpanzés appartenant à la sous espèce P.t.schweinfurthii infectés naturellement avec SIVcpz. Ces découvertes ont été faites grâce aux nécropsies effectuées sur des animaux infectés par le SIVcpz.

A présent il n’existe aucune autre population habituée de chimpanzé sur laquelle on puisse mener des recherches similaires. En revanche, des populations non-habituées de chimpanzé et gorilles au Cameroun, connues pour leur prévalence SIVcpz et SIVgor élevée, représentent une cible prometteuse pour des études non-invasives sur la présence d’infections opportunistes détéctables dans les fecès.

Depuis 2002, notre équipe a collecté des échantillons de fecès provenant de chimpanzés et gorilles vivant dans la forêt tropicale au Cameroun. Les chimpanzés du sud-est du Cameroun sont infectés avec SIVcpz avec la plus haute prévalence (~35%), et 20% des gorilles du sud-ouest sont infecte avec SIVgor. Ces endroits seront choisis pour des nouvelles missions de collecte et pour l’établissement d’un programme de monitorage de ces populations de chimpanzés sur le long terme. Nos résultats précédants ont deja montrés que nous sommes capables de retrouver les animaux sauvages pendant des missions séquentielles. Aujourhui nous sommes la seule équipe qui a étudié une infection virale sur le long terme chez les chimpanzés et gorilles sauvages (non-habitué à la présence d’homme). L’ensemble de l’organizatin de notre travail de terrain, la prise de données sur le terrain et les analyses de microsattellites sur les échantillons des differents collectes ont permis ces suivis longitudinales des animaux sauvages.

En analogie avec le développement d’infections opportunistes chez l’homme, nous irons rechercher chez les gorilles et chimpanzees la présence de hémosporidies (Plasmodium spp.), d’infections intestinales parasitaires et d’autres agents pathogènes (virus, bacterie, fungi, .) dans les faeces des animaux SIV positif et négatif.