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Infos pratiques

Organigramme

Contacts
  • Directeur :

        Pr Eric DELAPORTE

  • Directeur Adjoint :

        Bernard TAVERNE

Accès à la Délégation Régionale IRD-Occitanie (Montpellier)

HIV

  • Dynamique de la distribution géographique des variants VIH-1 en Afrique

La répartition géographique des variants VIH-1 restera évolutive tant que les différents sous-types du VIH-1 se propageront à travers tous les continents et que les virus recombinants continueront à recombiner. Cette information est non seulement importante pour la connaissance de la dynamique de l’infection mais également en perspective dans le cadre d’éventuels programmes vaccinaux. Les études sur la distribution géographique et l'émergence de nouveaux variants seront donc poursuivies essentiellement à travers nos études de surveillance de la  résistance aux ARV , qui permettront non seulement d’identifier le taux des souches résistantes transmises récemment mais aussi d’évaluer par les analyses phylogénétiques de ces séquences les souches virales VIH jouant un rôle majeur dans l’épidémie actuelle. Les souches VIH inclassables parce qu’elles n’appartiennent à aucun sous-type ou CRF déjà connu seront analysées plus en détail afin d’identifier s’il s’agit d’un nouveau variant qui pourrait jouer un rôle dans l’épidémie future. Pour suivre l’évolution de l’épidémie, l’émergence de nouveaux variants et les clusters de transmissions, nous utiliserons les logiciels mis au point en collaboration avec l’IBC/LIRMM (O.Gascuel), comme phylotype et autres en développement qui permettent d’analyser un grand nombre de séquences (>10 000). En collaboration avec l’équipe 2 nous développerons un volet d’épidémiologie moléculaire dans les populations clefs en particulier les MSM en Afrique de l’Ouest et Central afin d’identifier d’éventuels circuits de contamination

  • Etudier l’efficacité virologique et les résistances aux antirétroviraux (ARV) dans les pays du Sud.

La couverture antirétrovirale  en Afrique quoique incomplète devient une réalité. Si nos 1° études ont montré globalement des taux de résistance non catastrophique il convient de les relativiser par la « jeunesse » des programmes. Il faut donc impérativement suivre l'émergence de variants résistants et évaluer l'efficacité des ARV chez les patients infectés par des souches non-B. Nous évaluerons de plus la faisabilité de la mise en place des ARV en milieu semi-rural et l’utilisation de marqueurs biologiques simplifiés pour le suivi des patients. Par l’implication de notre équipe dans de nombreuses études sur l’efficacité des traitements ARVs dans les pays du sud, nous disposerons d‘une grande base de données de séquences de résistance ainsi que toutes les données liées aux traitements et l’histoire du patient. Nous proposons de comparer les mutations de résistances sélectionnées par différents soustypes/CRFs, en priorité les CRF01_AE, CRF02_AG et C, qui prédominent respectivement en Asie et en Afrique. Les projets de recherche clinique de l’équipe 2 (projet 2LADY, et le projet Namsal de 1° ligne entre autres) permettront l’analyse de l’impact de la diversité sur de nouvelles molécules pour l’Afrique tels que darunavir, étravirine ou dolutégravir utilisés dans le cadre de ces protocoles. Les résultats obtenus peuvent aider à améliorer les algorithmes d’interprétation des résistances génotypiques.

  • Variabilité génétique et performance des tests diagnostiques.

Il est primordial de réduire la propagation de l’infection à VIH en Afrique en améliorant le dépistage des personnes infectées. Il est prévu (1) d'évaluer la capacité des différents tests de dépistage utilisés en Afrique, à identifier correctement les personnes infectées par le VIH, (2) d’identifier et caractériser de nouveaux variants VIH en circulation au Cameroun peu ou non détectables par les tests usuels de dépistage et (3) de transférer certaines techniques de biologie moléculaire permettant une caractérisation sur place des souches VIH.

  • Utilisation opérationnelle du papier filtre pour les tests de charges virales et de résistances.

Le suivi biologique des PvVIH sous traitement reste limité du fait du manque de ressources financières, humaines et d’infrastructures en laboratoire alorsqu’il s’agit d’un élément clef de l ‘efficacité des traitements ARV à long terme que ce soit au niveau de l’individu ou à celui de la communauté. Les stratégies alternatives pouvant permettre d’offrir un suivi virologique en particulier en décentralisation, représentent une priorité pour laquelle les évaluations en laboratoire doivent être suivies de  la démonstration de leur capacité de mise en place sur le terrain. Notre objectif principal est d’améliorer la faisabilité et la fiabilité sur le terrain de l’utilisation du prélèvement de sang total séché sur papier filtre, DBS (dried blood spot), en comparaison avec le plasma pour le suivi virologique des patients VIH+.