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Organigramme
Contacts
  • Directeur :

         Pr Eric DELAPORTE

  • Directrice Adjointe :

         Maryline BONNET

Accès à la Délégation Régionale IRD-Occitanie (Montpellier)

Infections fongiques et parasitaires

Sommaire

Contexte

Les travaux du groupe Infections fongique et parasitaires portent sur les thèmes Diversité génétique épidémiologie et émergence de la résistance chez les champignons pathogènes de l’Homme au travers de 2 axes : Diversité génétique et biotope et Émergence et mécanismes de la résistance.

Thématiques développées

Diversité génétique et biotope

Nos études portent sur :

1- L’épidémiologie de la cryptococcose chez les PVVIH en Afrique de l’Ouest réalisée en collaboration avec l’Université de Yaoundé I, l’Hôpital de Jour de Yaoundé, Cameroun, le CeDres (Centre de Recherche et de Diagnostic sur le SIDA) et l’Institut Pasteur d’Abidjan, Cote d’Ivoire. Cryptococcus neoformans et Cryptococcus gattii sont des champignons microscopiques responsables de la cryptococcose neuro-méningée. Ils seraient responsables d’un million de cas par an et d’environ 625000 décès chez les PVVIH. Ces levures se développent naturellement dans l’environnement (fientes d’oiseaux, arbres, fruits…).

2- L'épidémiologie de souches de Cryptococcus environnementales (i) du pourtour méditerranéen en collaboration avec le Pr. Cogliati (Milan) sous l'égide de l'ISHAM Cryptococcus working group et (ii) en Côte d’Ivoire en collaboration avec le CeDres.

3- L’étude sur l’épidémiologie et le réservoir aviaire de Cryptococcus neoformans en région Occitanie-Midi Pyrénées en collaboration avec la Ligue de Protection des Oiseaux locale.

4- L’amélioration de la visibilité des contaminants fongiques dans le sable, que ce soit sur la plage ou dans les bacs à sable et les parcs récréatifs afin d’accroitre les connaissances dans ce domaine en démontrant que le sable est donc un réservoir de vie microbienne opportuniste et pathogène. Cette étude est menée en collaboration avec Le Ministère de la Santé du Portugal.

Émergence et mécanismes de la résistance

La cryptococcose neuro-méningée est toujours mortelle en absence de traitement. En Afrique, il est basé sur une monothérapie au fluconazole pouvant conduire à l’émergence de souches résistantes.

Nos études portent sur :

1- L’identification des mécanismes de résistance de souches de levures Cryptococcus isolées chez des patients africains PVVIH et identifiées comme résistantes ou de sensibilité réduite au fluconazole.

2- Le risque d’acquisition de résistance au fluconazole des Cryptocoques environnementaux exposés à des antifongiques azolés agricoles (tébuconazole, propiconazole, difenoconazole,…).

Projets en cours

  • L'étude : Typage MLST des souches de Cryptococcus

Financement propre et collaboration avec le Pr. M. Cogliati de l’Université de Milan
Objectifs :
1) Typage MLST de souches de Cryptococcus issues de pays africains mais aussi d’autres régions du monde
2) Mise en place d’un schéma MLST pour les souches hybrides de Cryptococcus AD. Les schémas MLST existant sont limités aux souches de Cryptococcus de sérotype A, B, C et D et ne sont pas applicables pour des souches hybrides (AD, AB et BD) qui sont de plus en plus souvent identifiées dans l’environnement et chez les patients. L’objectif de l’étude est de générer une approche méthodologique applicable à ces souches afin de pouvoir créer une base de données MLST utilisable par la communauté scientifique comme elle existe pour les autres sérotypes non hybrides.

  • L’étude : Portage de cryptocoques dans la faune aviaire et chiroptère en région Occitanie-Midi Pyrénées

Financement propre, en collaboration avec la LPO et le Centre de Sauvegarde de la Faune Sauvage de l’Hérault
Objectif : Les fientes d’oiseaux et chauves-souris sont un des biotopes décris pour Cryptococcus neoformans et Cryptococus gattii . Cependant la majorité des études portent sur des prélèvements d’animaux captifs ou des prélèvements urbains et peu de données sont disponibles sur la situation des populations sauvages. L’objectif de l’étude est de faire un état des lieux des espèces de Cryptococcus pouvant être retrouvée dans la faune aviaire et chiroptère sauvage afin de déterminer si cette faune peut tenir lieu de réservoir.

  • L’étude Imsert

Financement : MSH Sud, projet trans-disciplinaire impliquant 7 équipes de l’Université de Nîmes et de l’Université de Montpellier aussi bien en SHS qu’en chimie et biologie
Objectif général de l’étude : améliorer le procédé de rouissage des tiges de chanvre pour une application industrielle par une approche intégrée Histoire/Sciences expérimentales.
Objectif propre à l’équipe : recherche de champignons et de levures pathogènes en particulierCryptococcusdans les effluents de traitement du chanvre.

  • L'étude : Résistance deCryptococcus sp.aux antifongiques et aux azolés agricoles

Financement propre
Objectifs :
1) Etudier la résistance au fluconazole chez Cryptococcus gattii . Cette espèce est de plus en plus isolée de patients immunodéprimés et ces souches possèdent des CMI au fluconazole élevées et variables en fonction de leur génotype. La résistance est étudiée à la fois sur des souches exposéesin vitroau fluconazole ainsi que sur des souches résistantes cliniques. Nous nous focalisons sur la seule souche de Cryptococcus gattii (VGII, ST173) que nous avons retrouvé comme majoritaire en Côte d’Ivoire avec l’étude de son transcriptome, de sa virulencein vivosur un modèle expérimental (G. mellonella) ainsi que l’étude des ses propriétés anti-inflammatoiresin vitrosur modèles cellulaires.

2) Evaluer la capacité de Cryptococcus à acquérir une résistance aux antifongiques azolés médicaux après exposition à des azolés agricoles. Les cryptocoques peuvent être exposées en champ à des pesticides azolés agricoles lors des traitements des cultures. L’objectif de l’étude est de déterminer si cette exposition peut activer des mécanismes (et lesquels) conférant aux cryptocoques une résistance aux azolés utilisés en clinique au risque de compliquer le prise en charge ultérieure des patients (comme cela a pu être démontré pour un champignon filamenteux, Aspergillus).

  • L’étude : Epidémiologie moléculaire et résistance des levures du genreCandidaen Côte d’Ivoire

Financement : Doctorat financé par l’Infectiopôle Sud et collaboration avec IHU Montpellier méditerrannée, VITROME, Equipe Eucaryotes, Pathogènes Tropicaux (Pr S. Ranque)
Objectif : Les levures du genre Candida représentent la majorité des levures isolées chez l’homme. C. albicans reste le plus fréquemment isolé. Cependant, l’émergence d’espèces non-albicans et l’identification de nouvelles espèces réfractaires au traitements usuels modifient l’épidémiologie et la prise en charge de ces levures opportunistes. Malgré cela, les études portant sur les candidoses cutanées et muqueuses restent minoritaires, même dans les populations de patients à haut risque fongique. L’étude portera sur 200 souches « tout-venant » isolées de prélèvements reçus à l’unité de Mycologie du CHU d’Abidjan et sur 100 souches prélevées chez des patients à haut risque fongique. Les souches seront identifiées par MALDI-TOF et biologie moléculaire par comparaison aux techniques usuelles employées sur place. Les relations épidémiologiques entre les souches seront estimées par typage moléculaire. La sensibilité aux principaux agents antifongiques sera évaluée par la technique de référence du CLSI et les mécanismes moléculaires impliqués chez les souches résistantes seront recherchés.
Cette étude a pour but une meilleure compréhension de l’épidémiologie et de l’émergence de la résistance chez Candida en Côte d’Ivoire.

Pays d'étude

  • Côte d’Ivoire
  • Cameroun
  • France

Partenaires

  • Centre de Diagnostic et de Recherche sur le SIDA et les maladies opportunistes (CeDres), Institut Pasteur (Côte d'Ivoire)
  • Hôpital de Jour de Yaoundé (Cameroun)
  • Université Yaoundé I (Cameroun)
  • Université de Milan (Italie)
  • Department of Environmental Health, National Institute of Health Doutor Ricardo Jorge (Portugal)
  • IHU Méditerrannée Infection, UMR VITROME, Equipe Eucaryotes, Pathogènes Tropicaux (Pr Stéphane Ranque)

Sélection de publications

  • Cryptococcus genetic diversity and mixed infections in Ivorian HIV patients: A follow up study. Kassi FK, Drakulovski P, Bellet V, Roger F, Chabrol A, Krasteva D, Doumbia A, Landman R, Kakou A, Reynes J, Delaporte E, Menan HEI, Bertout S. PLoS Negl Trop Dis. 2019 Nov 18;13(11):e0007812.
  • African ST173 Cryptococcus deuterogattii strains are commonly less susceptible to fluconazole: an unclear mechanism of resistance. Bertout S, Roger F, Drakulovski P, Martin AS, Gouveia T, Kassi F, Menan H, Krasteva D, Delaporte E, Bellet V. J Glob Antimicrob Resist. 2019 Nov 8. pii: S2213-7165(19)30271-1.
  • Comparative typing analyses of clinical and environmental strains of the Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii species complex from Ivory Coast. Kassi FK, Bellet V, Drakulovski P, Krasteva D, Roger F, Valérie BA, Aboubakar T, Doumbia A, Kouakou GA, Delaporte E, Reynes J, Yavo W, Menan HIE, Bertout S. J Med Microbiol. 2018 Jan;67(1):87-96.
  • Kassi FK, Bellet V, Doumbia A, Krasteva D, Drakulovski P, Kouakou GA, Gatchitch F, Delaporte E, Reynes J, Mallié M, Menan HI, Bertout S. First case of mixed infection withCryptococcus deuterogattiiandCryptococcus neoformansVNI in an Ivorian HIV-positive patient. JMM Case Rep. 2016 Aug 30;3(4):e005037. doi: 10.1099/jmmcr.0.005037.
  • Molecular epidemiology reveals genetic diversity among 363 isolates of the Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii species complex in 61 Ivorian HIV-positive patients. Kassi FK, Drakulovski P, Bellet V, Krasteva D, Gatchitch F, Doumbia A, Kouakou GA, Delaporte E, Reynes J, Mallié M, Menan HIE, Bertout S. Mycoses. 2016 Dec;59(12):811-817.
  • Cryptococcus neoformans isolates from Yaoundé human immunodeficiency virus-infected patients exhibited intra-individual genetic diversity and variation in antifungal susceptibility profiles between isolates from the same patient. Kammalac Ngouana T, Drakulovski P, Krasteva D, Kouanfack C, Reynes J, Delaporte E, Boyom FF, Mallié M, Bertout S. J Med Microbiol. 2016 Jul;65(7):579-589.
  • Genotyping and antifungal susceptibility testing of Cryptococcus neoformans isolates from Cameroonian HIV-positive adult patients. Bertout S, Drakulovski P, Kouanfack C, Krasteva D, Ngouana T, Dunyach-Rémy C, Dongtsa J, Aghokeng A, Delaporte E, Koulla-Shiro S, Reynes J, Mallié M. Clin Microbiol Infect. 2013 Aug;19(8):763-9.

Contact

sebastien.bertout@umontpellier.fr