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Axes de recherche

Sommaire

Orientation scientifique

L’orientation générale de l'équipe "Diversité génétique, Résistance, Emergence à l’interface homme/faune sauvage"» sera divisée en 2 grands axes selon les compétences de chacun :

« VIH, Ebola et autres émergences virales » et « infections mycosiques et parasitaires liées au VIH ». Les grands thèmes seront déclinés en sous-thèmes et les différents projets seront développés avec une approche multidisciplinaire en collaboration avec les autres équipes de l’unité.

1. La diversité génétique et résistance aux antimicrobiens :
1.a. infections virales (HIV, Ebola)
  • HIV  : La diversité génétique est l’une des caractéristiques majeures des VIH/SIV, en particulier en Afrique. Dans ce domaine, notre équipe a acquis une reconnaissance internationale de recherche et de formation. Les travaux futurs s’inscrivent dans la continuité du suivi de l’évolution de l’épidémie et l’émergence de (nouveaux) sous-types ou recombinants surtout dans le contexte de l’accès universel aux antirétroviraux ; ex l’émergence de souches résistantes, l’émergence de nouveaux variants d’origine zoonotique (primates non-humains). Nous étudierons plus en détail l’impact des mutations présentes comme populations minoritaires sur l’efficacité des traitements ARVs avec les méthodes NGS (Miseq, Illumina) et cela en lien avec les études cliniques de l’équipe 2.
  • Ebola  : les souches Ebola seront étudiées en détail pour la diversité génétique afin de mieux comprendre leur évolution dans les épidémies chez l’Homme, la sensibilité des tests moléculaires et évolution suite aux traitements antiviraux. Nous développerons des approches moins couteuses et mieux adaptées aux conditions de terrain pour étudier en temps réel les chaines de transmission pendant les épidémies.

1.b. Infections fongiques et parasitaires

En Afrique, le traitement de la cryptococcose neuroméningée est basée sur une monothérapie au fluconazole conduisant à l’émergence de souches résistantes. Nous étudierons les mécanismes de résistance au fluconazole chez C. neoformans et C. gattii. Les mécanismes de résistance chez C. gattii seraient différents de ceux décrits chez C. neoformans. Ces souches sont décrites comme plus résistantes  au traitement, plus virulentes, avec une répartition géographique différente de celles du complexe C. neoformans et elles peuvent contaminer les personnes immunocompétentes. L’impact de l’usage des produits phytosanitaires agricoles sur la résistance aux antifongiques de ces levures sera aussi étudiée. L’utilisation massive de ces molécules en Europe a entrainé l’apparition de résistances croisées chez Aspergillus fumigatus. Nous nous proposons de vérifier si le même phénomène est possible chez les cryptocoques en Afrique.

2. Emergence interface homme/faune sauvage :
2.a. infections virales

Nous continuerons de travailler sur le réservoir animal du virus Ebola et élargirons nos travaux sur le réservoir animal des arbovirus (ex. Dengue, Zika, Fievre jaune et Chickungunya) qui sont des maladies avec un enjeu de santé publique majeur. Au cours de périodes enzootiques, les arbovirus survivent dans des cycles sylvatiques impliquant une variété d’espèces animales dont beaucoup ne sont pas identifiées actuellement, surtout en Afrique. Nous supposons que les primates, qui sont souvent présentés comme le réservoir, ne sont pas le réservoir principal ou l’unique réservoir car leur nombre n’est pas suffisamment élevé pour maintenir les cycles sylvatiques pendant les épizooties prolongées. Il est donc plus plausible que d’autres espèces comme les rongeurs, les chauves-souris et les oiseaux sont d'importants réservoirs d'arbovirus. Les échantillons de primates collectés dans les études sur le réservoir HIV et chauvessouris dans le cadre des études Ebola seront utilisés. Ensuite nous mettrons en place des études chez les populations humaines vivant en proche contact avec les animaux identifiés comme potentiel réservoir pour les arbovirus. Nous développerons aussi des tests moléculaires pour ensuite identifier les arbovirus circulants dans la faune et les populations vivant en proche contact afin d’étudier la diversité de ces virus sylvatiques. Identifier le réservoir animal et la distribution géographique contribueront à mieux contrôler et prévenir les épidémies chez l’homme. Ces connaissances aideront aussi à identifier les hôtes potentiels du virus sur d'autres continents, y compris en Europe, où certains des vecteurs des arbovirus sont de plus en plus présents.

2.b. Infections fongiques et parasitaires :

L’histoplasmose est une pathologie pulmonaire parfois mortelle causée par un champignon dimorphique : Histoplasma capsulatum. Les fientes d’oiseaux et de chauves-souris constituent un réservoir pour ce champignon. Les cryptocoques sont également connus pour être retrouvés dans les fientes de chauve-souris. Nous nous proposons de rechercher la présence de cryptocoques et d’histoplasmes dans les prélèvements de chauve-souris déjà disponibles. Cette étude sera étendue à la recherche d’autres agents fongiques par analyse du mycobiome de chiroptères et incluera les prélèvements environnementaux effectués en collaboration avec des vétérinaires et des jardiniers dans le sud de France.

VIH, Ebola et autres infections virales
Infections fongiques et parasitaires

Partenariat

Les différents projets seront développés avec les mêmes réseaux de collaboration opérationnels, en particulier ceux développés à travers notre accréditation OMS, l’ANRS et MSF. De façon spécifique le LMI associant le laboratoire de Montpellier à ceux de Yaoundé et de Kinshasa fera qu’une action plus importante vers la RDC sera concrétisée, en particulier pour les recherches sur Ebola et arbovirus. Le nouveau partenariat avec la Guinée et le renforcement des structures du laboratoire à l’INSP avec l’installation d’un laboratoire de biologie moléculaire permet de faire le diagnostic Ebola chez l’Homme et la faune (One Health). Le laboratoire de Montpellier jouera le rôle de référence Nord avec une fonction de formation des chercheurs impliqués dans les projets et la réalisation de techniques virologiques et moléculaires sophistiquées et non réalisables en Afrique. Nous continuerons, comme dans le passé, à assurer le transfert de technologie dans les pays du sud et de former les étudiants du sud dans les masters et thèses de doctorats (PhD) en co-tutelle.