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  • Directeur :

        Pr Eric DELAPORTE

  • Directeur Adjoint :

        Bernard TAVERNE

Accès à la Délégation Régionale IRD-Occitanie (Montpellier)

Implication de TransVIHMI dans la réponse à l’épidémie de SARS-CoV-2 (Covid-19)

Contexte

Dès la fin du mois de janvier 2020, alors que les trois premiers cas de maladie étaient déclarés en France – le 24 janvier 2020 –, les équipes de l’Unité TransVIHMI se sont investies dans la réponse à l’épidémie, tant en France qu’auprès des pays de nos partenaires en Afrique. Un ensemble de recherches opérationnelles visant à accompagner la réponse à l’épidémie a été mis en place dans un délai record, couvrant de manière variable les diverses disciplines scientifiques développées dans l’Unité (virologie, clinique, épidémiologie, santé publique et anthropologie), en association avec d’autres unités de recherche de l’IRD.

Au Nord

Volet Virologie

TransVIHMI est le seul laboratoire ouvert sur le site de l’IRD pendant le confinement national. La continuité des activités du laboratoire est assurée par plusieurs membres de l’équipe 1 (sous la responsabilité de Martine Peeters et d’Ahidjo Ayouba) pour la mise au point de tests sérologiques et moléculaires spécifiques au Covid-19 et des tests pour détecter les coronavirus en général permettant ainsi les premières études épidémiologiques en Afrique.

L’équipe a accompagné les laboratoires du LMI PreVIHMI (CREMER à Yaoundé, Cameroun, et INRB à Kinshasa, RDC) reconnus comme laboratoires nationaux de référence dans leur pays, comme le laboratoire de l’INSP et du LMI RESPIRE à Conakry en Guinée.

Volet Clinique

Sur Montpellier, l’équipe 3 dirigée par Jacques Reynes a été en première ligne pour la prise en charge médicale des personnes malades au CHU de Montpellier.

Ils se sont également impliqués dans 4 essais thérapeutiques liés au Covid :

  • essais internationaux Remdésivir promus par Gilead (Jacques Reynes étant coordonnateur national),
  • essai européeen Discovery promu par l’INSERM (Vincent Le Moing étant PI sur Montpellier),
  • essai multicentrique randomisé COVIDOC promu par le CHU de Montpellier et comparant en double aveugle hydroxychloroquine et bithérapie par hydroxychloroquine/azithromycine (Jacques Reynes étant investigateur-coordonnateur, responsable scientifique),
  • essai clinique pragmatique, randomisé, adaptatif, visant à évaluer un traitement précoce et ambulatoire des patients COVID-19 avec facteurs de risque de sévérité (essai PRECOV conçu et soumis à financement par Alain Makinson et Cédric Chesnais.

Jacques Reynes a mis en place et coordonne sur le CHU de Montpellier l’évaluation clinique d’un test salivaire de diagnostic rapide par PCR LAMP mis au point par le Sys2Diag (CNRS) et la société de biotechnologie SkillCell (test de dépistage EasyCov).

David Morquin, en lien avec l’équipe de virologie (équipe 1), a contribué à permettre la mise au point du test sérologique multiplex développé par cette même équipe.

Volet Epidémiologie

Jean-François Etard a conduit une étude sur l’impact de l’épidémie sur la mortalité des personnes âgées vivant dans de Etablissement d'Hébergement pour Personnes Agées Dépendantes (EHPAD).

Volet Anthropologie

Les chercheurs de l’équipe 4 sont impliqués, notamment ceux affectés en Afrique (Guinée, Sénégal).

Une collaboration a été établie avec des anthropologues du Centre Norbert Elias et de l’UMR LPED à Marseille engagés dans le cadre du projet « Containment and health measures to limit COVID-19 transmission: Social experiences in France, Italy and the USA in the time of a pandemic » (financement ANR) auquel participe Chiara Alfieri (chercheure associée à TransVIHMI).

Plusieurs membres de l’unité se sont par ailleurs portés volontaires pour apporter un appui diagnostique aux équipes du CHU à l’occasion d’éventuelles campagnes de dépistage de masse si nécessaire (recensement à la demande de l’IRD). 

Au Sud

Les activités sur l’épidémie liée au SARS-CoV-2, provoquant la maladie COVID-19, ont débuté dans l’unité fin janvier 2020, dans l’équipe « Cultures locales, Santé globale ». Elles ont été développées lorsque des cas de COVID-19 ont été identifiés au Sénégal début mars.

Au Sénégal

L’équipe basée au CRCF (CHU de Fann, à Dakar), avec Alice Desclaux, Gabrièle Laborde-Balen, Khoudia Sow, Bernard Taverne a organisé en janvier une formation pour des assistants de recherche en SHS sur le thème « Anthropologie des épidémies [Coronavirus et épidémies émergentes] ».

Avec le RAEE (Réseau ouest-africain d’Anthropologie des Epidémies Emergentes : https://shsebola.hypotheses.org) et le Réseau SoNAR-GLOBAL ( https://www.sonar-global.eu), dans le cadre du Projet CORAF (Coronavirus Anthropologie Afrique), l’équipe a lancé les activités de veille des médias et des opinions, analyse des infox, chronogramme de l’épidémie, étude sur le confinement, la participation communautaire, et les vécus individuels et collectifs des mesures de santé publique en lien avec l’Etat d’urgence sanitaire Covid-19 au Sénégal, avec extensions au Burkina Faso, Bénin et Cameroun. Ces activités sont menées dans une perspective opérationnelle visant à répondre aux besoins des autorités sanitaires nationale et régionales et menées en concertation avec ces institutions (Sénégal, Burkina Faso, Afrique de l’Ouest).

L’équipe du projet SoNAR-GLOBAL, avec Anthony Billaud, Alice Desclaux et Khoudia Sow, a étendu à la COVID-19 la rédaction en cours d’un module de formations sur les sciences sociales et les épidémies émergentes.

D’autre part, Alice Desclaux est chargée avec Julienne Anoko et Philippe Msellati du développement d’un Groupe Recherche Opérationnelle de la plateforme OMS Régionale COVID-19.

Enfin, les membres de l’équipe participent au titre d’experts aux task force sciences sociales d’institutions internationales.

En Guinée

Abdoulaye Touré (Directeur du CERFIG et Directeur général de l’Institut National de Santé Publique INSP) est membre du comité interministériel de lutte contre le Covid-19, Alpha Kabinet Keita (Directeur adjoint du CERFIG et Responsable du Laboratoire) est impliqué dans les aspects de biologie virologique.

Au CERFIG, le séminaire 3SG (Séminaire Sciences Sociales Guinée) (Master 1 & 2) sur l’épidémie à Covid-19 se tient en temps normal chaque mois et alternativement à l'université de Sonfonia et au Centre International de Recherche et de documentation. Il est co-animé par Frédéric Le Marcis, Moustapha Diop, Marie-Yvonne Curtis, Ramadan Diallo et Abdou Ndao.

En raison de l'épidémie de Covid-19, il s'est dématérialisé, 6 vidéos en français ont été réalisées, qui forment un tout. Leur traduction en langues nationales guinéennes est en cours.

  • 0/5 : Introduction : Ramadan Diallo (CIRD)
  • 1/5 : Quelques informations sur la maladie à Coronavirus (Covid-19) : Alpha Kabinet Keïta (CERFIG – IRD)
  • 2/5 : Figures du risque et sensibilisation communautaire face au Covid-19 en Guinée : Moustapha Keïta Diop (U. Sonfonia, MASDEL)
  • 3/5 : Enjeux politiques et enjeux sanitaires : Ramadan Diallo (CIRD)
  • 4/5 : Trajets, Circulations, Contact des virus : comment le virus fait son nid dans les pratiques de socialisation : Marie Yvonne Curtis (ass. U. Sonfonia, MASDEL)
  • 5/5 : La vie avec le virus : Frédéric Le Marcis (IRD – CERFIG)

Plusieurs programmes de recherche anthropologique sur des approches comparative Ebola vs Covid-19 sont également développés :

  • avec Bienvenu Camara (doctorant anthropologue et médecin, IMT Anvers, Centre de Recherche de Maférinya) : « Anthropologie du gouvernement épidémique : temps politiques, temps épidémiques, élites et le peuple. Comment les élites et le peuple appréhendent et négocient le moment épidémique (approche comparative Ebola – Coronavirus) » ;
  • avec l’Université de Kankan (Pr Abdoulaye Wotem Sompare) et « Constructions sociales du risque et conditions matérielles de sa gestion » qui constitue le volet qualitatif de la recherche « De l’épidémie d’Ebola à la pandémie de Coronavirus (COVID-19) : une analyse situationnelle rapide en Guinée, (centre d’excellence africain pour la prévention et le contrôle des maladies transmissibles, CEA-PCMT, U. Gamal ; CERFIG ; financement ENABEL).
Au Cameroun

Depuis le 6 mars, date de l’annonce officielle des premiers cas COVID-19, une petite équipe  a été constituée pour réaliser une veille médiatique quotidienne (presse écrite, web journal), en collaboration avec le projet CORAF. En parallèle, deux études CAP ont été lancées (personnels soignants et population générale).

Des aménagements pour sécuriser le personnel et les participants, ont été mis en place pour les deux principaux projets de recherche NAMSAL et DREAMM. L‘étude NAMSAL, en association avec d’autres études UNITAID, a obtenu un nouveau financement UNITAID sur un projet COHIVE. Celui-ci devrait débuter ces prochaines semaines.